20世纪以前，伴随着几千年的中华文明，农耕文化一直延续着古老传统的经营方式和施肥理念。也就是说，在1909年化肥传入中国之前，中国农民每年的施肥量主要是农家肥。农家肥包括人粪肥、粪肥、堆肥、绿肥等，是一种天然的原生有机肥。
它不需要工业加工或科学配方。它可以通过简单的发酵来应用。虽然农家肥营养丰富，适合世界上所有农作物，但其含量低、肥力低、分解慢、肥效晚、效益差。也就是说，它没有活力，作物有质量，没有产量。
农家肥的原料种类繁多，人们可以变废为宝，但它携带大量虫卵和有害细菌，造成各种病虫害滋生泛滥，让人防不胜防。例如：根线虫病、青枯病、病毒病、根腐病、溃疡病、环腐病、流胶病等土传病害都是由有害细菌的增殖引起的。
此外，饲喂饲料的畜禽粪便中含有大量的激素，导致动植物的生理紊乱。农家肥作为有机肥，可以起到松土、改良土壤的作用，但要经过长期发酵和分解。另外，发酵过程耗氧量大，农家肥价格低廉，方法简单，但具有消耗量大、体积大、运输不方便、能耗高等优点。
